上海交通大学医学院是教育部在2002年2月22日正式批准开展现代远程教育的试点高校之一。2005年7月18日，上海第二医科大学与上海交通大学两校合并，成立新的上海交通大学医学院，原上海第二医科大学远程教育学院更名为“上海交通大学网络教育学院医学院分院”。2018年3月12日上海交通大学网络教育学院医学院分院与上海交通大学继续教育学院医学院分院合并，成立新的上海交通大学医学院继续教育学院。
学院应用现代医学教育理论和教育技术，整合优质网络教学资源，加强对学生的学习支持服务，积极探索现代网络教育医学人才培养的新模式。学院目前开设有公共事业管理（卫生管理方向）、护理学、药学、医学检验技术等四个网络学历教育专业。
学院下设党政办公室、学历教育市场拓展部和教学管理办公室、高端培训部、职业技能培训部和信息技术部等五个职能部门，拥有一支老中青相结合的管理队伍，制定了一套完善和行之有效的管理办法。根据教育部的有关规定，学院健康有序地发展网络教育校外学习中心，特别是重点建设了一批为西部地区和边远农村学生提供学习支持服务的学习中心。
站在新的历史起点，学院将不断加强理论研究，探索建设现代网络教育的办学体系和质量保障体系，继续以高质量的教育服务、适合的培养模式以及优秀的师资力量进行现代网络教育的教学工作，为构建我国终身教育体系和学习型社会做出应有的贡献。